เนื่องมาฝรั่งเศสต้องการการสนับสนุนจากโปรตุเกสในการคานอำนาจสเปน พระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศสทรงจัดการอภิเษกสมรสนี้ขึ้นระหว่างเจ้าหญิงมารี ฟรานซัวส์กับชนชั้นสูงของโปรตุเกส และครองราชบัลลังก์โปรตุเกสซึ่งก็คือ สมเด็จพระเจ้าอัลฟองโซที่ 6 แห่งโปรตุเกส กษัตริย์หนุ่มซึ่งประชวรและพระวรกายซีกซ้ายคล้ายจะเป็นอัมพาต

เจ้าหญิงมารี ฟรานซัวส์เสด็จออกจากท่าลาโรช โดยเรือ"วันโดเม" ฤดูร้อนปีพ.ศ. 2209 เจ้าหญิงมารี ฟรองซัวส์ เอลิซาเบธ เดอ ซาวอเอียเสด็จถึงกรุงลิสบอน เจ้าหญิงทรงปราบปลื้มที่จะได้ดำรงพระอิศริยยศสมเด็จพระราชินี พระนางไม่ทรงเชื่อเสียงเล่าลือที่ว่า ผู้กำลังจะเป็นพระสวามีนั้นทรงอ้วน ทรงไร้สมรรถภาพและสติปัญญาทึบ ฝูงชนได้กรูเข้าไปต้อนรับว่าที่พระราชินีของพวกเขา เจ้าหญิงทรงต้องผิดหวังเพราะพระเจ้าอัลฟองโซไม่ทรงมาต้อนรับพระนางแต่กลับประทับอยู่ในพระราชวัง เนื่องจากไม่ประสงค์ที่จะเข้าพิธีอภิเษกสมรส ซึ่งพระเจ้าอัลฟองโซทรงจำยอมอภิเษกสมรสเพราะว่า ไม่ทรงปรารถนาให้เจ้าชายเปโดร ผู้เป็นพระอนุชาที่เป็นที่รักใคร่ของราษฎรขึ้นมาสืบราชบัลลังก์ต่อจากพระองค์

พระเจ้าอัลฟองโซทรงพยายามลบเลือนข่าวลือที่ว่า พระองค์ทรงไร้สมรรถภาพโดยการประทับอยู่กับหญิงโสเภณีและทรงแสวงหาเด็กที่ละม้ายคล้ายพระองค์มาอ้างว่าเป็นบุตรนอกสมรสและทรงพาเด็กผู้นั้นเข้าในวงการสังคมด้วย เมื่อเจ้าหญิงเสด็จมาถึง คณะบาทหลวงได้เกลี้ยกล่อมให้พระองค์ไปพบพระพักตร์เจ้าหญิง เมื่อพระเจ้าอัลฟองโซเสด็จมาถึงเรือใหญ่ พระนางจึงเชื่อในคำเล่าลือว่าเป็นจริง พระสวามีในอนาคตทรงอ้วนมาก พระเจ้าอัลฟองโซทรงกลัวการเป็นหวัดมากพระองค์สวมฉลองพระองค์กันหนาวทับกันหลายๆชั้นซึ่งแต่ละชุดไม่เข้ากันเลย และพระเจ้าอัลฟองโซไม่ทรงพอพระทัยว่าที่พระมเหสีของพระองค์

อย่างไรก็ตาม พระราชพิธีอภิเษกสมรสได้ถูกจัดขึ้นในวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2209 โดย เจ้าหญิงมารี ฟรองซัวส์ เอลิซาเบธ เดอ ซาวอเอีย ต้องเปลี่ยนพระนามเป็น เจ้าหญิงมาเรีย ฟรานซิสกา อิซาเบล เดอ ซาวอย และดำรงพระอิศริยยศสมเด็จพระราชินีแห่งโปรตุเกส หลังการอภิเษกสมรส พระเจ้าอัลฟองโซไม่เสด็จไปพบพระนางเลย พระองค์ทรงปฏิเสธที่จะมอบเงินค่าใช้จ่ายในราชสำนักให้แก่สมเด็จพระราชินีและยังปฏิเสธไม่มอบเงินสินสอดห้าหมื่นฟรังก์ที่ทรงสัญญาว่าจะมอบให้ในวันอภิเษกสมรส จึงมีผู้เห็นว่าพระนางมาเรีย ฟรานซิสกาทรงสะอึกสะอื้นเสียงดังอยู่บ่อยครั้ง พระเจ้าอัลฟองโซแทบไม่เคยย่างพระบาทไปพบพระมเหสีเลยสักครั้ง ขณะที่พระอนุชาเสด็จมาไต่ถามสุขทุกข์หลายครั้ง พระนางมาเรีย ฟรานซิสกาจึงหันมาสนิทสนมกับพระอนุชาของพระสวามีแทน และบางคนกล่าวว่าทรงสนิทสนมมากเกินไป ต่อมาเกิดสงครามฟื้นฟูโปรตุเกสขึ้นอีกครั้ง พระเจ้าอัลฟองโซทรงดำเนินนโยบายผิดพลาดทำให้ความนิยมตกต่ำ

แต่เนื่องจากพระเจ้าอัลฟองโซและพระมเหสียังไม่ทรงมีบุตร ทำให้หลายคนตากถกเถียงเรื่องนี้ ทำให้พระเจ้าอัลฟองโซจำต้องแก้ไขเหตุการณ์นี้ มีรายงานว่าพระองค์จะให้ข้าราชบริพารคนสนิทในที่ประทับของพระองค์มีเพศสัมพันธ์กับพระราชินีแทนพระองค์เอง และถ้าพระนางทรงพระครรภ์ก็จะสามารถกำจัดพระราชอำนาจของพระอนุชาได้ ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2210 พระเจ้าอัลฟองโซทรงเชื้อเชิญพระนางมาเรีย ฟรานซิสกามาเยือนที่พระตำหนักในกลางดึก โดยมีข้าราชบริพารคนสนิทสองคนอยู่ด้วย ซึ่งผิดหลักธรรมเนียมโบราณที่ว่า เมื่อพระเจ้าแผ่นดินมีพระราชประสงค์ที่จะหลับนอนกับพระมเหสี พระองค์จะต้องเป็นฝ่ายไปประทับที่ตำหนักของพระมเหสี โดยมีเหล่านางสนองพระโอษฐ์อยู่ใกล้ๆ แต่แผนการของพระองค์ต้องล้มเหลวเพราะพระราชินีสงสัยว่าพระสวามีมีแผนการบางอย่างในพระทัย พระนางจึงปฏิเสธที่จะเสด็จไปยังที่ประทับของพระสวามี เป็นเหตุให้พระเจ้าอัลฟองโซทรงกุมดาบ พร้อมพระพักตร์แดงก่ำด้วยความโกรธ พระองค์สาบานว่า หากพระราชินีไม่เสด็จมาด้วยความสมัครใจภายในยี่สิบสี่ชั่วโมง พระองค์จะเสด็จไปลากพระราชินีมาที่แท่นบรรทมด้วยพระองค์เองหรือไม่ก็มีรับสั่งให้มหาดเล็ก 4 คนไปกุมตัวพระนางมายังที่ประทับ

ในที่สุดพระนางมาเรีย ฟรานซิสกาก็สิ้นความอดทน วันที่ 22 พฤศจิกายน พ.ศ. 2210 พระนางจึงเสด็จไปประทับที่คอนแวนต์แห่งหนึ่ง และส่งข่าวไปทูลพระเจ้าอัลฟองโซทราบว่าพระนางถือว่าการอภิเษกสมรสถือเป็นโมฆะ เนื่องจากไม่มีความสัมพันธ์ทางเพศเกินขึ้นหลังจากการอภิเษกสมรสผ่านไป 16 เดือน ทันทีที่พระเจ้าอัลฟองโซทรงได้รับหนังสืบฉบับนั้น พระองค์ก็เสด็จไปคอนแวนต์เพื่อจับกุมพระราชินี แต่เจ้าชายเปโดรพร้อมด้วยทหารได้เสด็จมาและทรงปฏิญาณว่าจะปกป้องพระราชินีทุกวิถีทาง ทำให้พระเจ้าอัลฟองโซจำต้องเสด็จกลับไป ขณะถึงพระราชวังพระองค์ได้ถูกจับกุมเป็นนักโทษและยอมรับในการไต่สวนว่าพระองค์ไร้สมรรถภาพ บิชอปแห่งลิสบอนจึงประกาศให้การอภิเษกสมรสถือเป็นโมฆะ

เมื่อพระราชินีทรงมีหนังสือถึงสภานิติบัญญัติ โดยทรงขอเสด็จกลับภูมิลำเนาพร้อมสินเดิมก่อนอภิเษกสมรส สมาชิกสภาทุกคนได้เดินทางมาและขอร้องไม่ให้พระนางจากแผ่นดินนี้ พวกเขาขอร้องให้พระนางอภิเษกสมรสกับเจ้าชายเปโดรและประทับอยู่ในฐานะพระราชินีของตน ซึ่งทุกคนต่างชื่นชมในความสามารถของพระนางที่กระทำการรัฐประหารด้วยสติปัญญา จากนั้นสมาชิกสภาได้ไปขอร้องให้เจ้าชายเปโดรอภิเษกสมรสกับพระราชินี ซึ่งพระองค์ก็ยินดีแต่ทรงปฏิเสธที่จะครองราชย์ตราบใดที่พระเชษฐายังมีพระชนม์ชีพอยู่ พระองค์จะทรงดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์เท่านั้น พระนางมาเรีย ฟรานซิสกาและเจ้าชายเปโดรได้ก่อรัฐประหารรัฐบาลของลูอิส เดอ วาสคอนเซลอส เคานท์ที่ 3 แห่งคาสเตโล เมลฮอร์ ซึ่งสนับสนุนพระเจ้าอัลฟองโซ

พระเจ้าอัลฟองโซทรงถูกกักกันอย่างสมพระเกียรติ พอพระองค์ทราบว่าการอภิเษกสมรสถือเป็นโมฆะและพระมเหสีอภิเษกสมรสใหม่กับเจ้าชายเปโดร พระองค์ตรัสว่า "อา...ดีแล้ว! ไม่มีอะไรให้สงสัยเลยว่า อีกไม่ช้าน้องชายที่น่าสงสารของข้าจะต้องเสียใจเหมือนกับข้า ที่เกลือกกลั้วกับนังผู้หญิงฝรั่งเศสน่าเบื่อคนนี้"[1]